La Pandilla Misterio S.A. necesita dinero para continuar sus operaciones. Cuando un inversor se acerca a ellos para pedir ayuda, sólo tienen un requisito: que Scooby-Doo y Shaggy se mantengan fuera del proyecto. Son, según él, el eslabón más débil del grupo. Así que los dos compañeros tienen que dejar a sus amigos. Como la desgracia nunca sucede sola, Scooby y Shaggy son secuestrados. Pronto descubren que el torpe perro tiene un destino épico y tiene que cumplir una importante misión. ¿Demostrarán Scooby-Doo y su amo su valor a la pandilla?